死亡者の特別徴収の年金機構還付について

死亡者の特別徴収の年金機構還付について、教えていただけたら幸いです。

とある特徴の被保険者　※保険料額は仮のものです。
今年度保険料額　60,000円(5,000円/月)
１期(納期４月末)の特徴額　　　 7,000円(仮徴収で前年度６期の額)
２期(納期６月末)　　　　〃　　 7,000円(〃)
３期～６期　〃　　　　　　　各11,500円

→6/4死亡により資格喪失
保険料更正　今年度保険料額　10,000円（４、５月分）
１期　7,000円　更正なし
２期　3,000円　更正
・・・この時点で年金天引きとまらず、更正前の2期分7,000円が6/15に天引きされ、納入→4,000円の収入超過(還付対象)。年金機構より機構還付か否かの連絡待ちの状態

12/21、年金機構より年金機構への還付の通知あり。
２期7,000円全額還付とのこと。

この場合、２期保険料3,000円についても返還しなけらばならないため、今頃になってその分を改めて普通徴収として3,000円を調定しなければならない(3,000円の保険料の納付義務発生)のですが、なぜこの時期にこのようなことになったのかが分かりません。4,000円のみ年金機構に返すということならよかったのですが。。。　
　つたない文書で申し訳ありませんが、どなたか、このようなケースになる理由を教えていただけないでしょうか。