会計処理について

処理した経験はないのですが、会計基準の勘定科目の説明からだと、

業務委託費…洗濯、清掃、夜間警備及び給食(給食材料費を除く。)など施設の業務の一部を他に委託するための費用をいう。

手数料…役務提供にかかる費用のうち、業務委託費以外のものをいう。

とあり、施設の業務の一部とは考えにくいことから、手数料での処理でよいのでは思いますが、念の為、県（監査担当部署）に確認してみてはいかがでしょうか。

TKC社会福祉法人経営研究会の会員になっている会計事務所のHPには「社会福祉法人会計Ｑ＆Ａデータベース」というのがあって重宝します。ご質問の内容で私が検索しても適切なＱ＆Ａが見つかりませんでしたが、何か参考になれば。
http://www.welfare.tkcnf.or.jp/005.html

社会福祉法人会計前でしたら

建設仮勘定での対応だったと思います

今回のケースが資本的支出とみなされるべきものかどうかで処理が分かれるのかなと思います。

以下参考サイト。

http://www2s.biglobe.ne.jp/~kigawa/taxnews/zaimu/houjin/keisan4-6.htm

ただ明確な答えはついてないので、やはり県にお伺いを立てておいたほうが無難な気がします。

参考になるかはわかりませんが、過去に同じケースで、完了前は建設仮勘定、完了後はすべて資産に按分等の方法で振り分けて計上処理しました。監査時、県の担当者はオーケーでした。