教えてください

自治体の判断です。
厳密に言えば、自治体の「日中一時支援事業」での判断になります。
こと「日中一時支援事業」を利用した日の「短期入所」の利用日の場合、どのような取扱いになるかについて注意が必要だと思います。

昨年の４月より短期入所はⅠ型、Ⅱ型等の類型が出来ましたから、例えば夕方～翌朝が短期入所、日中は別事業（日中一時や生活介護等の通所、もちろん学校への通学も含む）を利用するというのは問題なくなりました。

逆を言うと、日中の時間帯を日中一時として受けず、そのまま短期入所として過ごすことももちろん可能です。

当然ですが、ずう～っと短期入所で過ごす場合は、日中に別事業を利用するのに比べ報酬単価は高くなります。

　短期入所と同日利用による双方請求可能なサービスについては、指定障害福祉サービス（生活介護、自立訓練、就労移行支援、就労継続支援若しくは通所による旧法施設支援、児童デイサービス）との組み合わせと認識しています。
　このはさんのご質問の意図を確認しないうちにこのような回答をすることは失礼かと思いますが、あえて書かせていただきます。
　確かに、日中一時支援事業との併給（請求可能かどうか）については、市町村判断になるかと思います。ですが報酬告示に示された事業のように、明らかに違う内容のサービスを、その必要性があって利用したことに対し評価されるものかと思います。
　日中一時支援については、自立支援法施行当時、それまであった「短期入所の日帰り部分」を、施設基準（人員配置基準）を緩め、市町村事業としたものと捉えていました（少なくとも当市では）。
　その事業を、同一事業所、同一施設で使い分けるということが、いまひとつ、理解できないのです（申し訳ありません）。
　例えば、短期入所事業所の都合で、日中、その方の受け入れができず、どうしても他事業所の日中一時支援を利用しなければならないとかであれば、当市でも「可」とするかとは思いますが。
　日中一時支援の内容も、事業所の努力・工夫により、内容の濃い支援（生活介護や児童デイなどと同等のサービス）を提供している場合もあるかと思いますが、やはり、同一事業所での提供ということになると違和感があります。
　報酬の関係ですが、福祉型短期入所（Ⅱ・Ⅳ）＋当市日中一時支援単価を同一日に請求できるとなると、福祉型短期入所（Ⅰ・Ⅲ）より高くなります。
　見当違いな回答であればお許しいただきたいと思いますが、もしよろしければ、理由をお聞かせいただければと思います。
　

障害福祉サービスと市町村のサービスなので、普通に考えたら、出来る・出来ないではなくしませんね。
おそらく、市町村の判断になると思われますが、市町村に確認をとると『短期入所で請求すればいいですよね。』といわれると思います。
そして、短期入所で請求した方が、事務も楽です。(笑)
これが、生活介護と短期入所利用であった場合は、併給にしますけど。

質問へのたくさんのご回答、ありがとうございます。
正直、反応が多くて驚きました。
利用者サイドとしては、短期入所事業者が少ない中、日中一時事業で、「やっと預けられるところができた」「さらに、夜間も緊急時には預かってほしい」、というところです。
多くの市町村で「よくある状況」かと思いますが、利用者ニーズの高まりの中、当方しか利用施設がない中で、できる限りニーズにお応えしたい、という状況です。
日中一時支援の経緯については、承知しているつもりですが、最近では当方のように、先に「日中一時支援」を始めたが、「短期入所」ニーズが多く、一部でも受け入れられないか、と考える事業者もあるように感じます。
超貧乏事業者が「ニーズに応える」、有効な手段とは？
お応えになりましたでしょうか。
親身な回答、大変感謝しております。

　私の書き込みの、「理由を・・」というところのお答えととらえてよろしいでしょうか。
　確かに、日中一時支援のみの事業所は、当市内、近隣の状況を見ても利用者市町村の単価のばらつき・利用者の確保が困難な状況による収入の不安定化や、支援員の確保面など施設運営で大変な状況であることは承知しています（友人・知人も日中一時支援事業を行っていたりしますので）。
　ただ、だからといって、この場合の「ニーズに応える」ことと、「収入を多く得るための方策として一人の単価を上げる」ことをお考えになるのは、やはり、間違っているのかなと思います。
　※他の日中サービスを行うということであれば別ですが。
　せっかく、利用者の希望に応えて、短期入所を検討されているとのこと。どうか、実現されますことを、私の地区とは違うと思いますが、行政担当また障害者の子・障害児の父として期待させていただきます。
　勝手に解釈させていただきましたが、ご回答の趣旨と違っていた場合はお許しください。

早速のご回答、ありがとうございます。
「一人の単価を上げる」確かに、そこにこだわってしまていたような気がしています。
ただ、なんとなく「他の日中サービスなら…」というところが気になっていました。
でも、整理すると皆さまからのアドバイス、的確です。ははは…
ご回答、皆さまから頂けたのも、応援していただいているもの、と理解しています。ありがとうございました。