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お疲れ様です。ご質問の件ですが、
今年度のデータは基本そのまま残します。バージョンアップも特に現在のもので不具合がなければ、そのまま来年度も使用します。そのため、現在のところ特に年度変わりでデータのバックアップの必要はありません。

特定健診の場合、
同じ受診者さんでも年度が変わると受診券番号が変わります。（頭２桁が西暦の下２桁と決まりがありますので、今年度は０９で始まり、来年度は１０で始まるはずです。）これで見分けるしかありませんので、見ずらければ前年度のデータを別ファイルに保存しておくこともできますが、ちょっとコツがいるのと、急に前年度のデータを見たいときには大変なのでお勧めできません。
また、年度が変わると契約内容（契約保険者が増えたり、契約金額や検査項目の増減もある可能性がありますので、マスタメンテナンスメニューの健診パターン情報管理で新年度用のパターンを作成（項目に変更がなければ、当然必要ありませんが、、、）したり、医療保険者情報管理で新年度の基本詳細単価設定（これは毎年度作成する必要がありますので、以外と面倒ですね）を入力しておく必要がありますね。
こんなところでいかがでしょう？