通所介護の食事費（食材料費）の科目について

そもそもの社会福祉法人会計の理解ができていないようですね。
法人の経理基準に従って会計処理をするのは確かに基本ですが、その大本になるのが厚労省の通知、通達です。モデル経理規程はあくまでもそれら通達等をもとに作成されています。
通達の基本になるのが「社会福祉法人会計基準の制定について」（いわゆる会計基準、社援第310号）、介護施設であればこれと併せて「指定介護老人福祉施設に係る会計処理等の取扱について」（いわゆる指導指針、老計８号通知）です。この通知が基本となり、介護保険法改正ごと事務連絡等で勘定科目の処理に関する内容が示されます。
　ご質問の食費の取扱については食費改正が施行された平成17年の通達でに既に大区分「利用者等利用料収入」の中に中区分「食費収入」を設け会計処理をすることとなっています。ですから未だに居宅サービス利用料収入で処理していること自体おかしいこととなりますし、経理規程の変更をしていないことがまちがいです。
　会計処理については、法改正の都度厚労省の通知や通達を見ていかないと間違った会計処理をしてしますこととなりますので充分注意が必要ですし、上記通知を熟読されることをお勧めします。モデル規定に頼るのは危険です。