基本的なことですが

　社会保険支払基金に代行依頼されますと、施設側は社会保険支払基金に一括請求を行うこととなり、社会保険支払基金はその請求を元に各保険者に請求を行うというもののようです。
　施設側で各保険者に請求を出す事が可能な程の余裕があるのならいいでしょうが・・・。
　保険者側も地場産業等の小企業や、市区町村なら、施設の指定もできるでしょうが、全国区の大企業になると、県単位ならまだ対応のしようもあるだろうけど、全国の約２０万の施設ごとの請求に対応出来るほどの力は無いのではないでしょうか？
　あくまで、私の思い込みかもしれないので、確実な返答は、社会保険支払基金に問い合わせしてみてはいかがでしょうか？

タクさんありがとうございました。

　市町村や国保組合の国保保険者分の健診費用は、国保連合会が支払代行をします。また政管や健保組合等の健診費用の支払代行は支払基金が行います。だからそれぞれに支払代行業務を依頼することになると思います。それから医療保険者の契約によっては、直接健診費用を支払代行機関を介さずに医療保険者に請求することも考えられます。

水吉さん、ありがとうございます。

支払基金からは早いうち段階からこういったお知らせが来ていましたが国保連からは何も音沙汰がなかったので困惑しておりました。

やはり国保と社保ではそれぞれ別に代行依頼するカタチとなるのですね。